80年代初经济学与教育学、管理学与教育学的交叉学科——教育经济与管理已经在北京大学率先形成并初具规模。涌现除了我国早期教育经济与管理研究的一些重要研究成果。出现了颇具实力的专业研究队伍，代表人物包括汪永铨、郝克明、厉以宁、陈良焜等。

1980年成立了专门研究机构——北京大学高等教育研究室。1983年设立了高等教育学硕士点。1984年经教育部批准设立了北京大学高等教育研究所。下辖教育经济与管理、教育评估、中国高等教育与国际比较教育、高等教育情报四个研究室。1990年设立了高等教育学博士点。1993年设立了教育经济与管理硕士点。

根据教育部、财政部、国家计委的建议和指示精神，自1996年初开始酝酿、筹备在北京大学高等教育研究所的基础上建立北京大学教育经济研究所。1997年2月，教育经济与管理的专门研究机构——北京大学教育经济研究所正式挂牌成立了。研究所下辖教育财政、教育经济、教育管理三个研究室以及行政办公室、图书资料室、全国高教信息网总站、欧盟项目办公室、UNESCO教席办公室等机构。1998年教育经济研究所设立了教育经济与管理博士点，2000年申报国家重点研究基地。